Il problema non riguarda Inde, perchè Inde genera soltanto il codice, il compilatore è Javac o quello di Microsoft.
Per quello che riguarda JavaC questo è lo stato della richiesta di renderlo multi-core:
http://bugs.sun.com/bugdatabase/view_bug.do;jsessionid=f853e54187d8f12eb9dacddef8727?bug_id=6629150E' stata fatta nel 2007 e non è stata ancora gestita.
Per quello che riguarda C# in questo articolo di MSDN Microsoft dice che si può attivare la compilazione multicore per una solution, ma ogni Core compila un solo progetto, e non c'è parallelismo a livello di progetto.
Dato che le solution di Inde hanno solo 1 progetto attivare questa feature non avrebbe effetto.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb651793.aspx