Sarebbe bello poter iniettare qualcosa nel WebConfig, invece che ricorrere alla cartella custom. In questo modo, quando si cambia versione di InDe.F, non ci dovrebbero essere problemi.
Sto attivando le Web API in un'applicazione in cui ho un WebConfig modificato. Questo mi costringe, ad ogni WebAPI attivata, a rimodificare il WebConfig della custom. Piuttosto scomodo.
Se come base del web.config nella custom parti da quello del template invece di quello del compilato non è necessario fare quello che dici.
Mi spiego meglio. Il web.config del template contiene delle "macro" che vengono sostiuite da In.de in fase di compilazione in base a parametri di compilazione e altro.
Normalmente non pensando a questo aspetto si parte dai file del compilato per personalizzarli.